Το Πανεπιστήμιο Κρήτης περιλαμβάνει σχολές σε δύο πόλεις:
- Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών
- Τμήμα Βιολογίας
- Τμήμα Επιστήμης & Τεχνολογίας Υλικών
- Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών
- Τμήμα Μαθηματικών & Εφαρμοσμένων Μαθηματικών
- Τμήμα Φυσικής
- Τμήμα Χημείας
- Σχολή Επιστημών Υγείας
- Φιλοσοφική Σχολή
- Σχολή Επιστημών Αγωγής
- Σχολή Κοινωνικών Επιστημών